Trzeci sezon

Seria trzecia rozpoczyna się odkryciem przez grupę serca Lyoko, od którego istnienia zależy los całego wirtualnego świata. Xana początkowo usiłuje je zniszczyć, a gdy ta strategia nie przynosi rezultatów, kilkakrotnie przejmuje kontrolę nad Aelitą i za jej pośrednictwem niszczy poszczególne sektory Lyoko. Stworzenie przez Jeremy'ego programu materializującego członków grupy bezpośrednio na terenie Kartaginy rozwiązuje ten problem. Okazuje się także, że Aelita zyskała nową broń – pole energii. Mimo to walka z Xaną staje się coraz trudniejsza. W odcinku Ostatnia runda członkowie grupy decydują się przyjąć pomoc Williama. Chłopak, ignorując rady członków grupy i chcąc się wykazać, zostaje opętany przez Xanę, który wykorzystuje Williama do zniszczenia sektora piątego i przerwania procesu sprowadzania na Ziemię Franza Hoppera (zainicjowanego przez Aelitę na początku odcinka). Nie wszystko jest jednak stracone – na komputer Jeremy'ego przychodzi wiadomość od Franza Hoppera.

• Odcinek 53 "W samo serce"
• Odcinek 54 "Lyoko minus jeden"
• Odcinek 55 "Fala przypływu"
• Odcinek 56 "Fałszywy trop"
• Odcinek 57 "Aelita"
• Odcinek 58 "Zawody"
• Odcinek 59 "Tajemnica"
• Odcinek 60 "Chwilowe szaleństwo"
• Odcinek 61 "Sabotaż"
• Odcinek 62 "Bezcielesność"
• Odcinek 63 "Potrójny kłopot"
• Odcinek 64 "Podwójny kłopot"
• Odcinek 65 "Ostatnia runda"