Drugi sezon

W drugiej serii Aelita otrzymuje ziemską tożsamość – jako Aelita Stones, kanadyjska kuzynka Odda, zamieszkuje w internacie i trafia do jednej klasy z Jeremym. Zaczyna miewać dziwne wizje, związane z położoną w głębi lasu Pustelnią oraz Franzem Hopperem, osobą w jakiś sposób związaną z Lyoko.

Jednocześnie Jeremy stara się zwiększyć szanse grupy w walce z Xaną: projektuje pojazdy, umożliwiające szybkie poruszanie się po Lyoko, oraz program wykrywający aktywne wieże. W odcinku Nowe terytorium odkrywa nowy, piąty sektor Lyoko o nazwie Kartagina. Znajdują się tam nie tylko dane niezbędne dla usunięcia wirusa Xany, ale też nowe potwory – pełzacze i scyfozoa (starająca się odebrać Aelicie wspomnienia). W odcinku Pan Pük grupa znajduje pamiętnik Franza Hoppera, który wyjaśnia kulisy stworzenia Lyoko i odkrywa prawdziwą tożsamość Aelity. W ostatnim odcinku Xana uniezależnia się od superkomputera i zyskuje możliwość poruszania się po internecie. Aelita, poprzez odzyskanie ostatniego wspomnienia, staje się w pełni człowiekiem.

Zmienia się schemat historii opowiadanych w serialu – od odcinka Wspaniały dzień bohaterowie używają powrotu do przeszłości tylko w wyjątkowych sytuacjach, ponieważ każde jego zastosowanie wzmacnia Xanę. Pojawia się też nowy bohater – William Dunbar, rówieśnik Yumi i konkurent Ulricha do serca dziewczyny.

• Odcinek 27 "Nowy porządek"
• Odcinek 28 "Nowe terytorium"
• Odcinek 29 "Wyprawa"
• Odcinek 30 "Wspaniały dzień"
• Odcinek 31 "Pan Puck"
• Odcinek 32 "Walentynki"
• Odcinek 33 "Techno"
• Odcinek 34 "Zaginiony kod"
• Odcinek 35 "Loteria"
• Odcinek 36 "Marabunta"
• Odcinek 37 "Wspólna sprawa"
• Odcinek 38 "Pokusa"
• Odcinek 39 "Złe zagranie"
• Odcinek 40 "Atak Zombie"
• Odcinek 41 "Ultimatum"
• Odcinek 42 "Miszmasz"
• Odcinek 43 "Pocałunek X.A.N.Y."
• Odcinek 44 "Lęk wysokości"
• Odcinek 45 "Zimna wojna"
• Odcinek 46 "Deja vu"
• Odcinek 47 "Boskie ciało"
• Odcinek 48 "Jest tam kto?"
• Odcinek 49 "Franz Hopper"
• Odcinek 50 "Kontakt"
• Odcinek 51 "Odkrycie"
• Odcinek 52 "Klucze"